13일 기획재정부의 '2012년 세법개정안'에 따르면 '신성장동력 R&D(연구개발)비용 세액공제' 대상에 신약연구개발 추가 등이 포함됐다.
이는 기업의 성장동력 투자를 지원하기 위해 신성장동력·원천기술분야 R&D비용 세액공제 적용기간을 3년간 연장하는데 따른 것으로, 기간은 2015년 12월 31일까지 적용된다.
기재부는 "제약기업의 글로벌 경쟁력 강화를 위해 세액공제대상 기술에 혁신형 제약기업의 신약연구개발을 추가키로 한 것"이라고 설명했다.
이번 세법개정을 통해 R&D관련 세제지원 적용기한을 연장하면서 정부가 선정한 혁신형 제약기업의 경우 연구개발 역량과 성장잠재력이 충분하다는 평가가 뒷받침된 것으로 분석된다.
지원대상에 백신과 임상평가기술도 함께 포함돼 2015년까지 세제혜택을 받을 수 있게 된다. 백신과 임상평가기술은 해당 연도 R&D 비용의 20%를 공제 받을 수 있다.
또한 임상시험 유치를 지원하기 위해 임상시험용 의약품 관세면제 적용기한도 2015년 12월말까지 3년간 연장된다.
이와 함께 제약회사간 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례 적용기한도 연장될 예정이다.
이처럼 합병 시 중복자산 양도에 대해 과세특례 제도를 인정하는 것은 합병으로 발생한 중복자산(용도가 동일하거나 유사한 사업용 유형고정자산)을 처분하고 새로운 사업용 유형고정자산을 취득할 때 중복자산 처분이익을 '과세이연'(課稅移延: 기업의 원활한 자금운용을 위해 자산을 팔 때까지 세금납부를 연기해주는 제도, 3년 거치 3년 분할익금산입)함으로써 합병을 통한 기업 규모화를 촉진하고 사업용 자산에의 투자를 유도하기 위한 차원으로 해석된다.
기재부는 제약업에 대해서만 과세특례를 연장하려는 것과 관련, "제약업의 경쟁력 제고를 위해서는 합병을 통한 규모화를 촉진할 필요가 있어 과세특례 적용기한을 연장해 지원할 계획"이라고 설명했다.
이밖에 주류의 표시사항(원료, 제조일자 등) 및 첨가재료(아스파탐, 당분 등)는 주세와 관련성이 낮으므로 보건복지부와 식약청으로 이관할 계획이다. 앞서 주류의 위생안전관리업무는 2010년 6월 식약청으로 이관된 바 있다.
한편 기재부는 내국세 관련 14개 법률과 관세 관련 3개 법률에 대한 세법개정안을 8∼9월중 입법예고와 부처협의를 거쳐 국무회의 의결을 거친 뒤 오는 9월말 정기국회에 제출할 계획이다.
